Mit der Gründung 1779 durch David Simson war die nach der Stadt Bowmore benannte Whiskybrennerei die erste legale Brennerei auf der Isle of Islay und eine der ältesten Schottlands.

Wie viele schottische Whiskybrennereien wechselte Bowmore im Laufe der Zeit mehrmals die Besitzer:

Zunächst führten der Gründer, der Farmer und Händler David Simson, und später seine Familie das Unternehmen, bis 1837 William & James Mutter Eigentümer der Brennerei wurden, 1925 übernahm Joseph Robert Holmes die Anlagen. Die Destillerie wurde umbenannt in Bowmore Distillery Co und Eigentum der Sheriff's Bowmore Distillery ltd.

Während des Zweiten Weltkrieges (1939-45) war die Brennerei geschlossen, die Gebäude dienten als Stützpunkt für Flugboote.

1950 ging der Besitz der Anlagen auf William Grigor & Sons Ltd. über. Dieser ging 1963 bankrott, woraufhin Bowmore von der Stanley P. Morrison Ltd. übernommen wurde, zu welcher auch Auchentoshan und Glen Garioch gehören. Ab dieser Zeit wurde das heutige Bowmore-Image geprägt. Die Umbenennung in Morrison Bowmore erfolgte 1987. 1994 fand der bisher letzte Besitzerwechsel statt, seitdem gehört das Unternehmen zur japanischen Suntory-Gruppe.

Besonderheiten der Brennerei sind das eigene Malting sowie eine zum Schwimmbad umgebaute Lagerhalle, in der die in der Produktion entstehende Wärme zum Heizen genutzt wird. Bowmore verfügt über ein Besucherzentrum und kann besichtigt werden