Dalwhinnie wurde 1897 von John Grant, George Sellar und Alexander Mackenzie unter dem Namen Strathspey gegründet. Die Kosten beliefen sich auf 10.000 Pfund. Im Februar 1898 begann die Produktion.

Schon nach ein paar Monaten gerieten die drei aber in finanzielle Probleme und im November 1898 übernahmen John Sommerville & Co. sowie A P Blyth & Sons die Brennerei. Sie benannten sie in Dalwhinnie um und beauftragten Charles Chree Doig mit einigen Veränderungen an der Destille.

1905 erwarben Cook & Bernheimer, damals Amerika's größte Distiller, Dalwhinnie in einer Auktion. Dies war das erste Mal, dass eine ausländische Gesellschaft in den Besitz einer schottischen Brennerei gelangte.

1919 kauften MacDonald Greenlees & Williams Ltd. angeführt von Sir James Calder die Brennerei. Diese Firma wurde wiederum 1926 von der Distillers Company Limited (DCL) übernommen - und 1930 an die Scottish Malt Distilleries (SMD) übergeben.

Im Februar 1934 zerstörte ein großes Feuer Dalwhinnie fast vollständig. Die Brennerei wurde erst 1938 wieder in Betrieb genommen.

1968 wurden die Malting Floors geschlossen. 1986 erfolgte eine komplette Renovierung von Dalwhinnie.

1991 wurde ein Besucherzentrum gebaut. Von 1992 bis zu ihrer Wiedereröffnung im März 1995 wurde die Brennerei für 3,2 Millionen Pfund renoviert und blieb während dieser Zeit geschlossen.