Die heutige Destillerie wurde 1963 nach fünfjähriger Bauzeit fertiggestellt.

Der Betrieb einer Destillerie am gleichen Ort ist allerdings schon spätestens seit 1810 nachgewiesen, der damalige Besitzer war Archibald Campbell.

Die Ursprünge des Whisky auf Jura reichen dagegen wohl bis an den Anfang des 17. Jahrhunderts zurück.

Als Betreiber ab 1875 werden John Ferguson und dessen Söhne genannt, unter deren Führung die Gebäude 1884 eine Restaurierung erfuhren.

Als die Fergusons allerdings Anfang des 20. Jahrhunderts ihre Pacht nicht mehr zahlen konnten, wurde der Betrieb eingestellt.

Erst 1958 fanden sich zwei Einheimische, Robin Fletcher und Ardfin Estate, die mit finanzieller Unterstützung von Mackinlay MacPherson (Scottish Brewers) den Ingenieur und Architekten William Delmé Evans beauftragten, eine gänzlich neue Destillerie zu bauen. Damit wollten sie der Knappheit an Arbeitsplätzen auf der Insel entgegenwirken, was ihnen aber kaum gelungen ist.

1985 wurde Isle of Jura von Invergordon Destillers aufgekauft und kam bei deren Übernahme zu Whyte & Mackay.

Diese wiederum wurde zunächst von JBB (Greater Europe) übernommen und schließlich an das Management zurückverkauft (Management-Buy-out), weshalb die Brennerei zur daraus hervorgegangenen Firma Kyndal gehört.

Diese wurde 2004 wieder in Whyte & Mackay umbenannt und 2007 erwarb United Spirits Limited (United Breweries Group) die Firma.

Im Gegensatz zu den anderen ehemaligen Invergordon-Destillerien (Bruichladdich, Tamnavulin, Tullibardine) blieb die Isle of Jura von der Schließung Mitte der 1990er Jahre verschont.

In der Isle-of-Jura-Brennerei arbeiten heute zwölf Angestellte.

Auf dem Gelände befindet sich außerdem ein Besucherzentrum.I

m Gegensatz zu dem bis ca. 1900 hergestellten sehr stark getorften Malt enthält der heutige Isle of Jura kaum noch Torf. Es gibt ihn in Originalabfüllungen als 10-, 16-, 21- und 27 („stillman's dram")-Jährigen. Daneben ist er erhältlich als Legacy und Superstition ohne Altersangabe. Beim Legacy soll es sich um einen Blend aus 10- und 21-jährigem Whisky handeln.

Der Superstition ist das Resultat der wieder aufgenommenen Destillation mit stark getorftem Malz, es soll 3-jähriger getorfter Whisky geblendet mit 21-jährigem ungetorftem sein.