Neben Zuckerverbindungen wurden in Honigen bisher über 180 weitere natürliche Substanzen nachgewiesen: Mineralien, Pollen, Inhibine, Aromastoffe und zahlreiche andere organische Verbindungen.

Diese Substanzen liegen zwar in geringer Konzentration vor, ergänzen sich aber gegenseitig in ihrer Wirkung. Den natürlichen Gegebenheiten wie Klima, Bodenbeschaffenheit und Pflanzenvielfalt entsprechend, unterscheiden sich die einzelnen Honigsorten sehr in ihrer Zusammensetzung.
Das hat jedoch den Vorteil, dass Honig nicht nur nach Geschmack und Aussehen, sondern auch nach seinen Inhaltsstoffen ausgewählt werden kann.

Zuckerverbindungen
Honig enthält eine komplexe Mischung verschiedener Kohlenhydrate. Die Zuckerzusammensetzung wird vorwiegend durch die Pflanzen bestimmt, die von den Bienen aufgesucht werden. Vorherrschende Zucker sind Fruchtzucker (durchschnittlicher Anteil 38 %) und Traubenzucker (durchschnittlicher Anteil 31 %).

Vitamine
Honig enthält Spuren der Vitamine C, B1, B2, B6, Biotin und Pantothensäure.

Mineralstoffe und Spurenelemente
Im Honig werden die Mineralstoffe Kalium, Magnesium, Calcium sowie die Spurenelemente Eisen, Kupfer, Mangan und Chrom in unterschiedlichen Mengen gefunden. Während Honigtauhonige meist einen höheren Gehalt an Eisen und Kalium aufweisen, sind Blütenhonige oftmals reicher an Calcium.

Fermente
Fermente sind Wirkstoffe, die die Bienen dem Honig zusetzen und welche die Umwandlung einer Zuckerart in eine andere bewirken.
Noch im Honigglas können sie die Zuckerzusammensetzung verändern und erklären so die Zuckervielfalt des Honigs.

Aminosäuren
In 100 g Honig sind durchschnittlich 100 mg freie Aminosäuren enthalten. Diese werden im menschlichen Körper für die Bildung wichtiger Stoffwechsel-Zwischenprodukte und damit für ein reibungsloses Stoffwechselgeschehen benötigt. Mit einem Anteil von 50-85 % ist Prolin die am stärksten vertretene Aminosäure.

Acetylcholin
Acetylcholin ist eine Stickstoffverbindung, welche sich günstig auf die Herztätigkeit auswirkt.

Säuren
Honig enthält zahlreiche organische Säuren, welche anregend auf den Appetit und die Verdauung wirken.

Pollen
Blütenhonige enthalten kleine Mengen Pollen.

Aromastoffe
Über 120 Aromastoffe konnten bisher im Honig nachgewiesen werden. Sie sind für den unterschiedlichen Geschmack und Geruch der verschiedenen Honigsorten verantwortlich.